1928年1月，根据党中央“八七会议”确定的“实行土地革命和武装起义”方针，方志敏在江西领导了赣东北弋(阳)横（峰）农民大起义，创建了中国工农革命军第二军第二师第十四团一营一连，这支部队不断发展壮大，历经土地革命、抗日战争和解放战争的烽火考验，参加过二万五千里长征、五保繁昌、百团大战、孟良崮战役、淮海战役、大别山剿匪肃特，几经整编为华东野战军步兵第九○师，系部队前身。

新中国成立后百废待兴，1951年，毛主席为了根治淮河水患，发出了“一定要把淮河修好”的伟大号召。1952年2月，毛主席发布命令，钦点华东野战军步兵第九○师改编为解放军水利工程第一师，任务由备战朝鲜转为治理淮河。部队坚决响应党中央、毛主席号令，历经7年艰苦鏖战，先后建成“远东第一坝”的佛子岭水电站和梅山、陈村等重点水利工程，有效根治了淮河水患，毛主席高度评价：“这支部队了不起，非常过硬，为人民做了一件好事”。1955年春，根据党中央、国务院命令，水利工程第一师集体转业，主力改编为水电部第十四工程局。

1978年8月22日，根据《国务院、中央军委同意基本建设工程兵扩建三个支队二十二个大队的批复》（国发【1978】164号），将水电部第十四工程局整编为基本建设工程兵第63支队，确定了“劳武结合、能工能战、以工为主”的建设方针。1984年4月，百万大裁军，基建工程兵撤销，部队因“承担着一般民用工程施工队伍难以承担的任务”得以保留，转隶为武警水电二总队。期间，承建当时江西革命老区最大水电站万安水电站，参建万里黄河第一坝青海龙羊峡水电站和四川二滩、江西峡口等国家重点水利工程。特别是在抗击1981年龙羊峡特大洪水中功勋卓著，被解放军三总部授予“抗洪救灾立新功”荣誉。

1985年1月，根据《国务院、中央军委批转关于基建工程兵水电、交通、黄金部队改编问题的会议纪要的通知》（国发【1984】73号）和《国务院、中央军委批转<关于基建工程兵水电、交通、黄金部队改编的实施方案>的通知》（国发【1984】120号），水电部队正式列入武警部队序列，受公安部和水利电力部双重领导。职能使命为“用经济办法搞工程，实行承包制、招标制，保留军事组织形式；平时除担任施工任务外，还要接受必要的军事训练，用于维护地方治安，在战争情况下也可作为一支军事后备力量。”期间挥师西藏、新疆边陲，先后承担了西藏74%的水利发电机组安装，参建新疆24座水电站建设，被当地群众称为“点亮光明的金珠玛米”“西部水神”。同时，主动请战参加抢险救援，参战98年特大洪水九江段决口封堵，成为千里江防线上唯一一支机械化抢险部队。

1999年初，根据《国务院、中央军委关于调整武警黄金、森林、水电、交通部队领导管理体制及有关问题的通知》（国发【1999】6号），部队职能使命调整为“承担国家重大能源交通有关项目建设，边远、艰苦地区国（边）防公路维护保通，大江大河治理等水利基础设施建设和急工险段、重点部位的防洪抢险任务。在完成国家指定的工程任务之外，可暂时利用其装备、技术优势参与国家其他工程项目建设的投标。”按照武警总部明确的“按条令管、按纲要建、按大纲训、按行规干”原则，狠抓补课赶队。期间，响应国家西部大开发和经济调整战略，先后参建三峡船闸、西电东送、西气东输、南水北调、青藏联网等国家重点工程60余项，荣获“鲁班奖”“大禹奖”“詹天佑奖”等行业最高奖项，被誉为“金奖之师”。2009年7月,水电部队纳入国家应急救援力量体系，成为履行国家工程建设和应急救援双重使命部队，期间，参加08年抗冰保电、3.14藏区维稳、5.12抗震救灾、奥运安保；青海玉树抗震救灾、江西抚州唱凯堤决口封堵、甘肃舟曲特大泥石流抢险等重大任务。1个中队被党中央、国务院和中央军委表彰为“全国抗震救灾英雄集体”，2个中队荣获“唱凯堤决口封堵抢险英雄中队”荣誉称号。

2012年1月起，根据《国务院、中央军委关于进一步完善武警黄金、水电、交通部队管理体制有关问题的通知》（国发【2011】43号），部队职能使命调整为“担负因自然灾害、恐怖袭击和战争等因素导致损毁的江河提防、水库、水电站、变电站、输电线路等水利水电设施应急排险、抢修抢建任务，特殊时期、特定条件下水利水电设施管护任务；承担涉及国家安全和国家需要的特殊工程建设等国家指令性任务”。期间，部队坚决贯彻落实习主席强军兴军重大战略思想，始终以人民为中心履行使命，圆满完成云南鲁甸抗震救灾、深圳光明区特大滑坡抢险等重大应急救援任务和G20杭州峰会、厦门金砖国家领导人会晤等重大安保任务。特别是在2016年，面对98+特大洪灾，总队投入兵力近6万人次、装备1.6万台次，接连打赢决口封堵、堤防除险、泥石流抢险、台风救援等31场大仗硬仗，是武警部队师级单位中投入兵力最多、跨度时间最长、完成任务最重的部队，彰显了能力、树立了形象。

2018年2月28日，根据中国共产党第十九届中央委员会第三次全体会议通过的《深化党和国家机构改革方案》要求，“武警水电部队转为非现役专业队伍，充分利用原有的专业技术力量，承担水利水电工程建设任务，组建为国有企业，由国务院国有资产监督管理委员会管理”。2018年9月1日，武警水电部队集体转业，移交国资委领导，从此中央企业大家庭再添新成员——中国安能第二工程局集团有限公司。